Les frères de l'ordre mendiant des Récollets s'installent à Melun en 1606 sur le domaine de Charles de Rostaing, seigneur de Vaux-le-Pénil et de Saint-Liesne.
Le roi leur donne en 1616 l'autorisation de rebâtir leur couvent, qu'ils agrandissent dès 1682 et reconstruisent après un incendie déclenché par la foudre en 1760.
Le couvent transformé en hôpital en 1793, commence à recevoir les malades des hôtels-Dieu Saint-Nicolas et Saint-Jacques récemment supprimés.
Le rétablissement des ordres religieux en 1798 permet aux sœurs de la Charité de s'installer dans l'établissement et de restaurer la chapelle divisée un temps en deux étages pour l'accueil des malades. L'hôpital s'agrandit en 1862, on construit un nouveau bâtiment dans les années 1930, ce qui n'empêche pas la destruction de certaines parties du cloître en 1950.
L'ouverture en 1975 du Centre Hospitalier Marc Jacquet, au sud des bâtiments, entraîne leur fermeture. En 1994, la façade et la toiture du couvent, la chapelle, le cloître, et deux escaliers à balustres du XVIIème siècle sont inscrits à l'Inventaire Supplémentaire des Monuments Historiques.
Un autre ordre mendiant, les Capucins, avait également obtenu l'autorisation de s'installer à Melun, dans le faubourg du "Vieux Marché" situé au nord de la ville.
A l'emplacement du couvent, de l'église et des dépendances vendus en 1791, le Collège Jacques Amyot a été édifié de 1882 à 1885.